شهید مطهری، هم از لحاظ ابعاد علمی ‌و هم از لحاظ عمق دانشی، یکی از نوادر عصر حاضر هستند و کمتر کسی را می‌توان مشابه ایشان یافت.
یکی از نکاتی که ایشان را برجسته می‌کند، اساتید بزرگی است که در زمان طلبگی، از آنان بهره‌مند شدند.

جالب آن که، شهید مطهری در محضر هر کدام از این اساتید، از جمله‌ی بهترین و بزرگ‌ترین شاگردان بودند. از جمله بزرگانی که شهید مطهری، در محضرشان درس خواند، حضرت امام خمینی(ره) و علامه طباطبایی بودند. نقل است در مدرسه‌ی فیضیه، هنگامی‌که امام خمینی(ره) به عنوان یکی از پایه‌های علمی و بزرگان حوزه شناخته می‌شدند، سال‌ها به یکی از حجره‌ها می‌رفتند و در آن جا برای چند نفر، درس خصوصی می‌گفتند. این مطلب بسیار قابل تامل است که فردی در حد مرجع تقلید، وقت گران‌بهای خود را صرف چند طلبه می‌کردند؛ آن هم نه زمانی کوتاه، بلکه سال‌ها به طور پیوسته، شخصا به حجره‌ی آنان می‌رفتند تا برایشان درس بگویند. شهید مطهری یکی از افرادی بود که با چنین کیفیتی در محضر امام درس خواند. به همین خاطر امام، بعدها ایشان را «حاصل عمر» خود خطاب کردند.
در زمان‌های مقارن سال‌های 30 و 40، وضعیت حوزه‌های علمیه به گونه‌ای بود که با تدریس فلسفه و علوم عقلی در آن، مخالفت می‌شد. به همین دلیل، در آن زمان، مخالفت‌هایی با تدریس فلسفه توسط علامه طباطبایی نیز وجود داشت. از این رو تنها کسانی در محضر ایشان حاضر می‌شدند که جرأت به جان خریدن تهمت‌ها و حتی ناسزاهای اطرافیان را داشته باشند. شهید مطهری علاوه بر این که یکی از حاضران همیشگی درس‌های فلسفه‌ی علامه بودند، به عنوان شاگرد برجسته‌ی آن بزرگوار نیز شناخته می‌شدند. به همین دلیل بود که شهید مطهری بر جزوه‌ی کم حجم و پر مغز اصول فلسفه و روش رئالیست علامه، شرحی نوشتند که مجموع آن شرح، پنج جلد شد.
علاوه بر این اساتید بزرگ، شهید مطهری نوآوری‌های علمی بزرگی نیز داشتند که ایشان را از سایر اندیشمندان عصر متمایز می‌کند. یکی از دستاوردهای علمی استاد، مطالعات تطبیقی، در حوزه‌های معارف اسلامی بود. روش‌هایی که استاد مطهری در کتاب‌ها و بحث‌های خود به کار بردند به گونه‌ای بود که هم در زمان حیات ایشان و هم پس از شهادت آن بزرگوار، مورد توجه قرار گرفت و کتاب‌های ایشان را به سطحی رساند که حتی بعد از سال‌ها، هنوز هم می‌توان از آن نکات ناب و جدیدی برداشت کرد. در روش‌شناسی شهید مطهری، کتاب‌های بسیاری نوشته شده است و هنوز نیز بر روی ابعاد مختلف کارهای علمی ایشان، بحث‌های متنوعی انجام می‌شود.